データベースの説明
| # | 項目 | 説明 | |
|---|---|---|---|
| 1 | 名称 | Yeast Interacting Proteins Database | |
| 2 | 別名 | ― | |
| 3 | 作成者(所属)(*は代表者) | *伊藤 隆司(金沢大学 がん研究所 遺伝子染色体構築研究分野(作成時)) 吉田 美寸夫(インテック・ウェブ・アンド・ゲノム・インフォマティクス(株) 技術部 バイオ・インフォマティクスグループ(作成時)) |
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| 4 | データベース運用場所 | 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 | |
| 5 | 連絡先 |
〒277-8561 千葉県柏市柏の葉5-1-5 東京大学基盤棟CB-06 TEL 04-7136-3989 FAX 04-7136-3979 E-mail :
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| 6 | オリジナルサイト | http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/Y2H/ | |
| 7 | 統括サイト | ― | |
| 8 | 一覧表示 | 有り | |
| 9 | クエリ検索 | 無し | |
| 10 | Webサービス | 無し | |
| 11 | ユーザ登録 | 無し | |
| 12 | データのファイルダウンロード | http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/Y2H/ | |
| 13 | 説明 | 出芽酵母タンパク質に対する網羅的酵母2ハイブリッド解析によって得られた相互作用およびそれに関する付随する情報。 | |
| 14 | データベース分類 | 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ-タンパク質相互作用 | |
| 15 | 生物種 | Saccharomyces cerevisiae(Taxonomy ID: 4932 ) | |
| 16 | 参照先 | ― | |
| 17 | 運用開始年月日 | 2000/12/4 | |
| 18 | 最終更新年月 | 2000/12/4 | |
| 19 | 背景・プロジェクト |
・科学技術振興調整費ゲノムフロンティア開拓研究「ゲノム比較と系統的相互作用解析に基づく遺伝子・分子ネットワークの解明」 ・NEDO「ゲノムインフォマティクス技術開発」プロジェクト |
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| 20 | データベースの特長・有用性・活用方法 | 出芽酵母の網羅的酵母2ハイブリッド解析によって得られたタンパク質間相互作用データを、 信頼性の推定に有用な情報とともに検索できる。 | |
| 21 | 論文等 | 文献名 | Toward a protein-protein interaction map of the budding yeast: A comprehensive system to examine two-hybrid interactions in all possible combinations between the yeast proteins. |
| 著者名 | Ito T, Tashiro K, Muta S, Ozawa R, Chiba T, Nishizawa M, Yamamoto K, Kuhara S, Sakaki Y. | ||
| 雑誌名/掲載年月/号 | Proc Natl Acad Sci U S A. 2000 Feb 1;97(3):1143-7. | ||
| Pubmed ID | 10655498 | ||
| 文献名 | A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome. | ||
| 著者名 | Ito T, Chiba T, Ozawa R, Yoshida M, Hattori M, Sakaki Y. | ||
| 雑誌名/掲載年月/号 | Proc Natl Acad Sci U S A. 2001 Apr 10;98(8):4569-74. Epub 2001 Mar 13. | ||
| Pubmed ID | 11283351 | ||
Yeast Interacting Proteins Database | データ内容
データ1| # | 項目 | 説明 |
|---|---|---|
| 1 | データ内容 | 酵母2ハイブリッド法による出芽酵母タンパク質間相互作用の網羅的解析結果。 相互作用の有無とその文献によるアノテーション、及び取得された相互作用の信頼度の指標として、ISTヒット数(相互作用の検出数)をカウントし記載している。 フルデータ、及びISTヒット数が3以上のコアデータの2種類のデータがある。 |
| 2 | データソース | 実験 |
| 3 | データ取得方法 | 酵母2ハイブリッド法(Fields, S. & Song, O. K. (1989) Nature (London) 340, 245-246.) |
| 4 | 解析方法 | 実験によって取得された相互作用の信頼度の指標として、酵母蛋白質とその相互作用についての文献情報等を、 YPD(Yeast Proteome Database, Costanzo, M. C., Hogan, J. D., Cusick, M. E., Davis, B. P., Fancher, A. M., Hodges, P. E., Kondu, P., Lengieza, C., Lew-Smith, J. E., Lingner, C., et al. (2000) Nucleic Acids Res. 28, 73-76.)等から収集し記載している。 |
| 5 | 登録件数 | フルデータ:4549相互作用、コアデータ:841相互作用 |


