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データベースの説明

#	項目		説明
1	名称		tRNADB-CE
2	別名		―
3	作成者（所属）（*は代表者）		*阿部 貴志(長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室)、 池村 淑道(長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室)、 菅原 潤一(慶應義塾大学) 、 金井 昭夫(慶應義塾大学) 、 小原 康雄(長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室)、 上原 啓史(長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室)、 木ノ内 誠(山形大学)、 金谷 重彦(奈良先端科学技術大学院大学)、 山田 優子(長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室)、 武藤 昱(弘前大学)、 井口 八郎(長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室)
4	データベース運用場所		長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室
5	連絡先		Email:
6	オリジナルサイト		http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/
7	統括サイト		http://lifesciencedb.jp/
8	一覧表示		有り
9	クエリ検索		有り
10	Webサービス		無し
11	ユーザ登録		無し
12	データのファイルダウンロード		http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/cgi-bin/trnadb/index.cgi
13	説明		エキスパートが精査を加えた、世界的に最も精度が高いtRNA遺伝子データベースで、 シニア世代研究者の専門知識の活用と次世代への知識継承の一つのモデルケースとして、 長浜バイオ大学で行っている取り組みの産物です。 具体的には、既存の複数のtRNA遺伝子検索プログラムを用いて、 塩基配列の解読されたほぼ全ての原核生物ゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、 プログラム間で相違のあるケースについては、エキスパートがマニュアルにより精査しています。
14	データベース分類		RNA配列データベース
15	生物種		原核生物
16	参照先		DDBJ/EMBL/GENBANK
17	運用開始年月日		2008/7/1
18	最終更新年月		2009/08/18
19	背景・プロジェクト		文部科学省「ライフサイエンス統合データベース」プロジェクト
20	データベースの特長・有用性・活用方法		・ バクテリアの740 の完全長ゲノムや616 のドラフトゲノム、約1500 万の環境由来DNA 配列を 対象に、tRNA 遺伝子の網羅的な探索を行って構築。 ・ tRNA 遺伝子の探査は、3 種の予測プログラム（tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder）を併用し、 予測結果が一致しない場合には、エキスパートによる精査を行っている。 ・ 生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA 遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャー isoaccepting tRNA が解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNA が解読するコドン(不適合コドン) が調べられる。
21	論文等	文献名	tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts.
		著者名	Abe T, Ikemura T, Ohara Y, Uehara H, Kinouchi M, Kanaya S, Yamada Y, Muto A, Inokuchi H.
		雑誌名/掲載年月/号	Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D163-8.
		Pubmed ID	18842632

tRNADB-CE | データ内容