データベースの説明
| # | 項目 | 説明 | |
|---|---|---|---|
| 1 | 名称 | HATODAS | |
| 2 | 別名 | 重原子データベース | |
| 3 | 作成者（所属）（*は代表者） | *国島 直樹 (独立行政法人理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター) | |
| 4 | データベース運用場所 | 独立行政法人理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター | |
| 5 | 連絡先 |
〒679-5148 兵庫県佐用郡佐用町光都1-1-1 Tel: 0791-58-0808（代表） / Fax: 0791-58-0800 E-mail: 
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| 6 | オリジナルサイト | http://database.riken.jp/item/rib108i (http://hatodas.harima.riken.jp/ ) |
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| 7 | 統括サイト | http://database.riken.jp/ | |
| 8 | 一覧表示 | 有り | |
| 9 | クエリ検索 | 有り | |
| 10 | Webサービス | 無し | |
| 11 | ユーザ登録 | 無し | |
| 12 | データのファイルダウンロード | http://database.riken.jp/sw/panel/RIB00108 | |
| 13 | 説明 | タンパク質のＸ線結晶解析で行われる重原子化の事例を収集したデータベース。 | |
| 14 | データベース分類 | タンパク質配列データベース-タンパク質属性 | |
| タンパク質配列データベース-タンパク質配列モチーフ、タンパク質活性部位 | |||
| 構造データベース-タンパク質構造 | |||
| 15 | 生物種 | ― | |
| 16 | 参照先 | NCBI PubMed, Protein Data Bank Japan (PDBj) | |
| 17 | 運用開始年月日 | 2005 | |
| 18 | 最終更新年月日 | 2009/1 | |
| 19 | 背景・プロジェクト | タンパク3000プロジェクト | |
| 20 | データベースの特長・有用性・活用方法 | タンパク質の配列や結晶化条件から重原子化実験に使う重原子化合物や実験条件を検討するために役立つ。 （ただしアーカイブにはインタフェイスは含まれていない。 インタフェイスは http://hatodas.harima.riken.jp/ で利用可能である。） | |
| 21 | 論文等 | 文献名 | Heavy-atom Database System: a tool for the preparation of heavy-atom derivatives of protein crystals based on amino-acid sequence and crystallization conditions. |
| 著者名 | Sugahara M, Asada Y, Ayama H, Ukawa H, Taka H, Kunishima N. | ||
| 雑誌名/掲載年月/号 | Acta Crystallographica Section D/2005:09/9 | ||
| Pubmed ID | 16131765 | ||
HATODAS | データ内容
データ1| # | 項目 | 説明 |
|---|---|---|
| 1 | データ内容 | 重原子導入事例 |
| 2 | データソース | 公共DB |
| 3 | データ取得方法 | PDBより取得 |
| 4 | 解析方法 | |
| 5 | 登録件数 | 500件 |
データ2
| # | 項目 | 説明 |
|---|---|---|
| 1 | データ内容 | 重原子と重原子結合モチーフ |
| 2 | データソース | 文献、公共DB |
| 3 | データ取得方法 | PDBより取得、モチーフに関する文献情報を追加 |
| 4 | 解析方法 | |
| 5 | 登録件数 | 重原子とモチーフの対110件（重原子17種、モチーフ89種） |
