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項目 |
説明 |
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名称 |
Gclust Server |
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別名 |
― |
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作成者（所属）（*は代表者） |
*佐藤 直樹(東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系) |
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データベース運用場所 |
東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系 |
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連絡先 |
東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系
佐藤 直樹
E-mail: 
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オリジナルサイト |
http://gclust.c.u-tokyo.ac.jp/ |
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統括サイト |
― |
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一覧表示 |
無し |
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クエリ検索 |
有り |
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Webサービス |
無し |
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ユーザ登録 |
無し |
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データのファイルダウンロード |
http://gclust.c.u-tokyo.ac.jp/Gclust_Download.html |
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説明 |
95生物種のタンパク質の総当たりBlast検索の結果得られたクラスタのデータベース
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データベース分類 |
タンパク質配列データベース |
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生物種 |
Taxonomy Name:11 plants, 9 Other bikonts, 25 cyanobacteria, 15 photosynthetic bacteria, 31 non-photosynthetic bacteria, 8 Opistokonts (animals and fungi), total 95 species |
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参照先 |
NCBI
, JGI(http://www.jgi.doe.gov/)
, CGP(http://merolae.biol.s.u-tokyo.ac.jp/) |
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運用開始年月日 |
2006/6 |
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最終更新年月 |
2008/4 |
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背景・プロジェクト |
相同タンパク質を多数の生物について比較することは，比較ゲノム研究のもっとも基本となるところであるが，従来の方法では，
ゲノムを１対１で比較したデータを集めるのが普通であった。
タンパク質の種類によって，類似度には大きな差が有り，非常に保存性の高いタンパク質グループもあれば，かなり保存性が低いオルソログも存在する。
こうした点を考慮しながら，ゲノム特定の公募研究として，自動的にオルソログクラスタを作る手法を開発し，光合成生物特有のタンパク質群の機能解析に応用した。
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データベースの特長・有用性・活用方法 |
比較する全生物種の全タンパク質の総当たりBLASTの結果に基づいて，類似度の閾値を自動的に設定しながら，
相同タンパク質の分類を行うのがGclustの特徴である。また，機能未知タンパク質についても相同クラスタができるため，
注目する生物群に特有の相同クラスタを見つけることにより，
それら生物群に固有の生理機能にかかわるタンパク質を発見する手がかりを与えることができる（系統プロファイリング）。
Gclustデータベースは系統プロファイルによる検索を可能にした相同タンパク質データベースである。
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論文等 |
文献名 |
Gclust: trans-kingdom classification of proteins using automatic individual threshold setting.
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| 著者名 |
Naoki Sato |
| 雑誌名/掲載年月/号 |
Bioinformatics 2009 Mar 1;25(5):599-605. |
| Pubmed ID |
19158159 |
