データベースの説明
| # | 項目 | 説明 | |
|---|---|---|---|
| 1 | 名称 | Fluorome | |
| 2 | 別名 | The Cyanobacterial Chlorophyll Fluorescence Database | |
| 3 | 作成者（所属）（*は代表者） | *園池 公毅（東京大学大学院新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻（作成時）） | |
| 4 | データベース運用場所 | 早稲田大学 教育学部理学科 | |
| 5 | 連絡先 |
〒162-8480 東京都新宿区若松町2-2 早稲田大学先端生命医科学センター 電話：03-5369-7306 メール：  |
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| 6 | オリジナルサイト | http://www.photosynthesis.jp/fluorome/index.php | |
| 7 | 統括サイト | ― | |
| 8 | 一覧表示 | 無し | |
| 9 | クエリ検索 | 有り | |
| 10 | Webサービス | 無し | |
| 11 | ユーザ登録 | 無し | |
| 12 | データのファイルダウンロード | ― | |
| 13 | 説明 |
原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。
各遺伝子破壊株のクロロフィル蛍光挙動をグラフィックに見ることができると共に、その蛍光挙動が２つの遺伝子破壊株の間でどの程度異なるかを定量化し、
自分が注目する遺伝子破壊株とよく似た蛍光挙動を示す遺伝子破壊株をリストアップすることができます。 遺伝子の機能を明らかにするためには、遺伝子変異株の表現型の解析が行なわれます。 しかし、遺伝子の機能によって異なる解析手法を使う必要があり、ゲノム単位で大規模な解析を行なうことも困難です。 さらに言えば、そもそも、何の表現型を解析すればよいのか、ということがわからなければ、解析の進めようさえありません。 この状況を打破するために、本プロジェクトではゲノム特定研究の支援を受け、光合成生物のクロロフィル蛍光をプローブとして用い、蛍光という単一の表現型を使いながら、 ゲノム上の全遺伝子の半分程度について、遺伝子破壊株の表現型を得るシステムを構築しました。 |
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| 14 | データベース分類 | その他の分子生物学データベース | |
| 15 | 生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (Taxonomy ID: 1117 ) | |
| 16 | 参照先 | CyanoBase | |
| 17 | 運用開始年月日 | 2007/6/23 | |
| 18 | 最終更新年月 | 2007/6/23 | |
| 19 | 背景・プロジェクト |
文部科学省特定領域研究 ゲノム研究 https://www.genome-sci.jp/modules/g4_paper2/paperinfo.php?paperid=5007 |
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| 20 | データベースの特長・有用性・活用方法 | マイクロアレイなどを用いた共発現解析などと同様に、 自分が興味を持っている遺伝子と何らかの関連がある可能性がある遺伝子を特定の前提条件なしにリストアップすることができます。 | |
| 21 | 論文等 | 文献名 | Large-scale analysis of chlorophyll fluorescence kinetics in Synechocystis sp. PCC 6803: identification of the factors involved in the modulation of photosystem stoichiometry. |
| 著者名 | Ozaki H, Ikeuchi M, Ogawa T, Fukuzawa H, Sonoike K. | ||
| 雑誌名/掲載年月/号 | Plant Cell Physiol. 2007, 48, 451-458. | ||
| Pubmed ID | 17284470 | ||
Fluorome | データ内容
データ1| # | 項目 | 説明 |
|---|---|---|
| 1 | データ内容 | Cyanobacteria ORF情報（ORF name、Gene name、Location of mutation、Product description） |
| 2 | データソース | 公共DB |
| 3 | データ取得方法 | CyanoBaseから取得した。 |
| 4 | 解析方法 | |
| 5 | 登録件数 | 494件 |
データ2
| # | 項目 | 説明 |
|---|---|---|
| 1 | データ内容 | Cyanobacteria変異体のクロロフィル蛍光時系列数値データ |
| 2 | データソース | 実験 |
| 3 | データ取得方法 | 変異体の細胞を弱光条件から強光条件に移した直後の蛍光強度変化を時系列データとして取得した。 対照として、野生型の細胞からも同時に蛍光の時系列データを取得した。 培養時の明るさを２種類設定（200、及び 20 micro-mol photons /m2 s） してそれぞれデータを取得した。 |
| 4 | 解析方法 | |
| 5 | 登録件数 | 947件 |
| # | 項目 | 説明 |
|---|---|---|
| 1 | データ内容 | Cyanobacteria変異体間の、クロロフィル蛍光時系列データ比較に基づく類似度距離 |
| 2 | データソース | データベース内のデータ |
| 3 | データ取得方法 | Cyanobacteria変異体のクロロフィル蛍光時系列データを解析 |
| 4 | 解析方法 | 異なる変異体の蛍光時系列データ間の類似度距離を、２種類定義（データの差分の絶対値を用いた定義、及びデータの差分の微分値を用いた定義）して計算した。 |
| 5 | 登録件数 | 237,169件 |
