データベースの説明
| # | 項目 | 説明 | |
|---|---|---|---|
| 1 | 名称 | Atlas (ISH Data Base) | |
| 2 | 別名 | ||
| 3 | 作成者（所属）（*は代表者） | 前田ミネ子（作成時: 大阪大学）、*漆原 秀子(筑波大学) | |
| 4 | データベース運用場所 | 筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報 | |
| 5 | 連絡先 | 〒305-8572 茨城県つくば市天王台1-1-1 筑波大学大学院生命環境科学研究科 TEL: 029-853-4664 FAX: 029-853-6614 E-mail: 
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|
| 6 | オリジナルサイト | http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/~tools/bin/ISH/index.html | |
| 7 | 統括サイト | http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/cDNAproject.html | |
| 8 | 一覧表示 | 無し | |
| 9 | クエリ検索 | 有り | |
| 10 | Webサービス | 無し | |
| 11 | ユーザ登録 | 無し | |
| 12 | データのファイルダウンロード | ||
| 13 | 説明 | Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、 Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの。 | |
| 14 | データベース分類 | マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース | |
| 15 | 生物種 | Dictyostelium discoideum(Taxonomy ID: 44689 ) | |
| 16 | 参照先 | ||
| 17 | 運用開始年月日 | 2003/10 | |
| 18 | 最終更新年月日 | 2004/04/02 | |
| 19 | 背景・プロジェクト | 文部科学省特定領域研究 ゲノム研究 https://www.genome-sci.jp/modules/g4_paper2/paperinfo.php?paperid=3803 | |
| 20 | データベースの特長・有用性・活用方法 | シンプルな発生・分化をすることでモデル生物として利用されているDictyostelium discoideumの発生期に発現する遺伝子について局在データを示すことにより、それらの遺伝子機能について推察することができる。 また、部位特異的な遺伝子についてDicty_cDBへのリンクから遺伝子の構造とアノテーション情報を得ることができる。 | |
| 21 | 論文等 | 文献名 | Changing patterns of gene expression in dictyostelium prestalk cell subtypes recognized by in situ hybridization with genes from microarray analyses. |
| 著者名 | Maeda M, Sakamoto H, Iranfar N, Fuller D, Maruo T, Ogihara S, Morio T, Urushihara H, Tanaka Y, Loomis WF. | ||
| 雑誌名/掲載年月/号 | Eukaryot Cell. 2003 Jun;2(3):627-37. | ||
| Pubmed ID | 12796308 | ||
| 文献名 | Control of cell type proportioning in Dictyostelium discoideum by differentiation-inducing factor as determined by in situ hybridization. | ||
| 著者名 | Maruo T, Sakamoto H, Iranfar N, Fuller D, Morio T, Urushihara H, Tanaka Y, Maeda M, Loomis WF. | ||
| 雑誌名/掲載年月/号 | Eukaryot Cell. 2004 Oct;3(5):1241-8. | ||
| Pubmed ID | 15470253 | ||
Atlas (ISH Data Base) | データ内容
データ1| # | 項目 | 説明 |
|---|---|---|
| 1 | データ内容 | cDNAクローンの発生時期別の局在画像 |
| 2 | データソース | 実験 |
| 3 | データ取得方法 | |
| 4 | 解析方法 | Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの。 |
| 5 | 登録件数 | 158件 |
データ2
| # | 項目 | 説明 |
|---|---|---|
| 1 | データ内容 | cDNA クローンの発生時期別の局在画像リスト |
| 2 | データソース | 実験 |
| 3 | データ取得方法 | |
| 4 | 解析方法 | Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報の画像の一覧。 |
| 5 | 登録件数 | 990件 |
データ3
| # | 項目 | 説明 |
|---|---|---|
| 1 | データ内容 | cDNA クローンの発生時期別の局在画像ファイル |
| 2 | データソース | 実験 |
| 3 | データ取得方法 | |
| 4 | 解析方法 | Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報の画像ファイル。 |
| 5 | 登録件数 | 990件 |
