いくら良質なデータベースでも、説明が十分でない、利用条件が明確でない、ダウンロードできないなどの理由で十分に利用され、引用され、相応しい評価をうける機会を逃していることがあります。
生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管し、データ説明(メタデータ)を統一して検索 を容易にすると共に、利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするサービスです (詳細説明)。
データを長期にわたり保全し、データベース作成者のクレジットを明示する一方、公的機関や民間等様々なユーザが利用しやすい形にすることで、それぞれの研究の生命科学へのいっそうの貢献を支援します。 データベースの寄託を随時募集しています(寄託応募要領)。
| データベース | データベース運用場所 | 代表者 | データベースカテゴリ | 生物種 | 要約(キーワードを青字表示) | 利用許諾 | |
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DIAM - 微生物情報
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バイオインダストリー協会![]() |
- | 文献 |
- | 微生物の同定・分類関連情報、安全関連情報、利用関連情報データベース | CC 表示-継承 詳細 |
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RA target genes in the Ciona embryo
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高知大学 理学部 応用理学科 ![]() |
藤原 滋樹 | 発現 |
カタユウレイボヤ | カタユウレイボヤ胚におけるレチノイン酸標的遺伝子候補のマイクロアレイによる発現解析とWhole mount in situ hybridizationによる画像のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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DIAM - 安全性に関する文献
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バイオインダストリー協会![]() |
- | 文献 |
- | バイオテクノロジーにおける安全性に関する文献情報データベース | CC 表示-継承 詳細 |
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DIAM - バイオテクノロジーの基礎知識
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バイオインダストリー協会![]() |
- | 文献 |
- | バイオテクノロジーの安全性についての解説、用語説明、Q&A | CC 表示-継承 詳細 |
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DIAM - バイオセイフティ関連の法規制
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バイオインダストリー協会![]() |
- | 文献 |
- | 国内外のバイオセイフティ関連の法規制についての文献集およびQ&A | CC 表示-継承 詳細 |
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The NAISTrap database
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奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 動物遺伝子機能学講座 ![]() |
石田 靖雅 | 変異体・発現 |
マウス | 遺伝子トラップで得たマウスES細胞のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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DGSP Database - Drosophila Gene Search Project Database
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首都大学東京 大学院理工学研究科 生命科学専攻 細胞遺伝学研究室![]() |
相垣 敏郎 | 変異体 |
ショウジョウバエ | ショウジョウバエのGSベクター挿入系統のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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EGTC - Database for the Exchangeable Gene Trap Clones
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熊本大学 生命資源研究・支援センター![]() |
荒木 正健 | 変異体 |
マウス | マウスの 可変型遺伝子トラップクローンのデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Transposon insertion site database - germline
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大阪大学大学院 医学系研究科 環境・生体機能学![]() |
堀江 恭二 | 変異体 | マウス | Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスに関するデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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HATODAS
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独立行政法人理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター![]() |
国島 直樹 | 立体構造 |
生物全般 | タンパク質のX線結晶解析で行われる重原子化の事例を収集したデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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KTmAbDB
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理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 発生ゲノミクス研究チーム![]() |
杉本 亜砂子 | 局在 | 線虫 | 線虫C. elegans胚の特異的な細胞種・細胞内構造を認識するモノクローナル抗体コレクションのデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Atlas (ISH Data Base)
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筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報![]() |
漆原 秀子 | 発現 | 粘菌 | Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、 Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの | CC 表示-継承 詳細 |
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GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database
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京都工芸繊維大学![]() |
林 茂生 | 変異体・発現 | ショウジョウバエ | ショウジョウバエにおいて、Gal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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WorTS - Worm TS mutant Database
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大阪大学 微生物研究所 細胞機能分野![]() |
中村 邦明 | 変異体・表現型 | 線虫 | 線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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AcEST
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首都大学東京 大学院理工学研究科生命科学専攻 植物環境応答研究室![]() |
鐘ヶ江 健 | cDNA | シダ | シダのEST配列と機能アノテーション結果のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Dicty_cDB
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筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報![]() |
漆原 秀子 | cDNA | 粘菌 | Dictyostelium discoideum cDNAの塩基配列と機能アノテーション結果 (相同性検索・モチーフ検索・産物の局在性予測・発現特性・ゲノムへのアラインメント等)の情報を収録したもの | CC 表示-継承 詳細 |
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Gclust Server
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東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系![]() |
佐藤 直樹 | 蛋白質配列 | 95生物種 | 総当たりBlast比較の結果得られた, 95生物種のタンパク質配列のクラスタのデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Budding yeast cDNA sequencing project
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東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻![]() |
伊藤 隆司 | ゲノム(脊椎動物以外)-真菌ゲノム | 酵母 | 出芽酵母の完全長クローンの5'cDNA配列データベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Yeast Interacting Proteins Database
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東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻![]() |
伊藤 隆司 | 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ-タンパク質相互作用 | 酵母 | Y2Hによる出芽酵母のタンパク間相互作用のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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tRNADB-CE
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長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室![]() |
阿部 貴志 | RNA配列 | 原核生物 | 世界的に最も精度が高い、エキスパートが精査を加えたtRNA 遺伝子データベース | CC 表示-継承 詳細 |
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DMPD (Dynamic Macrophage Pathway CSML Database
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東京大学 医科学研究所![]() |
宮野 悟 | 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ | ヒト、哺乳類 | マクロファージの分化、活性化に関するパスウェイデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Fluorome
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早稲田大学 教育学部理学科![]() |
園池 公毅 | 変異体・表現型 | シアノバクテリア | 原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得し、変異株間で定量比較したデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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GlycoProtDB
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独立行政法人 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター グライコプロテオーム解析チーム |
梶 裕之 | 構造―糖 | 生物全般 | 質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質の糖結合位置のデータベース。 | CC 表示-継承 詳細 |
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Arabidopsis thaliana EST index
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 | DNA配列 | シロイヌナズナ | シロイヌナズナのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 | CC 表示-継承 詳細 |
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Chlamydomonas reinhardtii EST index
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 | DNA配列 | クラミドモナス | クラミドモナスのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 | CC 表示-継承 詳細 |
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Lotus japonicus EST index
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 | DNA配列 | ミヤコグサ | ミヤコグサのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 | CC 表示-継承 詳細 |
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Trifolium pratense EST index
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 | DNA配列 | ムラサキツメクサ | ムラサキツメクサのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 | CC 表示-継承 詳細 |
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BodyParts3D
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ライフサイエンス統合データベースセンター![]() |
大久保 公策 | 器官 | ヒト | 解剖学用語が示す人体の部品(臓器、器官)の位置と形状を3次元人体モデルで記述したデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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せいめいかがくけいでーたべーすかたろぐ
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ライフサイエンス統合データベースセンター![]() |
川本 祥子 | カタログ | ― | 生命科学系データベースの情報(URL・稼働状況・提供機関・生物種・データ種)を対象や生物種などの項目別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 | CC 表示-継承 詳細 |
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せいめいかがくがっきょうかいかたろぐ
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ライフサイエンス統合データベースセンター![]() |
川本 祥子 | カタログ | ― | 生命科学系学協会の情報(URL・名称・連絡先・会員数・学会誌)を分類別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 | CC 表示-継承 詳細 |
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せいめいかがくけいしゅようぷろじぇくといちらん
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ライフサイエンス統合データベースセンター![]() |
西川 哲夫 | カタログ | ― | 日本国内の主要プロジェクトに関する情報(体制、予算、概要、データベースサイト、ダウンロードサイト、報告書や文献へのリンク情報等)を収集したカタログ型のデータベース。 | CC 表示-継承 詳細 |
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しせつめいじしょ
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ライフサイエンス統合データベースセンター![]() |
大久保 公策 | 辞書 | ― | 施設名称や研究室名称と、それらの各表記の対応辞書 | CC 表示-継承 詳細 |
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いでんしめいしょうシソーラス
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ライフサイエンス統合データベースセンター![]() |
大久保 公策 | 辞書 | 9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌) | 9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌)を対象に遺伝子名、 遺伝子ファミリ名を集め並列関係【同義】および上下関係【ファミリ名】で関係付けました。 頭文字表記や代表的な遺伝子・ゲノムデータベースID情報も名称と扱います。 | CC 表示-継承 詳細 |
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以下のリストはアーカイブサイトに公開準備中のデータベース一覧です。
「要約」の右の列に「*」(アスタリスク)のあるデータベースは、「文部科学省委託研究開発事業 統合データベースプロジェクト」 によるデータベースです。
| データベース | 運用機関名 | 代表者 | データベース カテゴリ |
生物種 | 要約(キーワードを青字表示) | |
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Medaka EST Database
Medaka EST Database
オリジナルサイト
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東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻 動物科学大講座動物発生学研究室 ![]() |
武田 洋幸 | cDNA、発現 |
メダカ | メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker 2003、medaka microarray 8Kのデータ | |
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MAGEST
MAGEST
オリジナルサイト
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東京大学 医科学研究所![]() |
真壁 和裕 | cDNA |
マボヤ | マボヤESTおよびそのクラスタリング結果のデータベース | |
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せんちゅうのせいしょくせんかんれんいでんしのRNAi結果
線虫の生殖腺関連遺伝子のRNAi結果
オリジナルサイト
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東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 ![]() |
飯野 雄一 | 表現型 |
線虫 | 線虫の生殖腺に特異的に発現する168遺伝子についてRNAi法を用いて機能阻害を行った結果を記載したデータベース | |
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ProNIT
ProNIT
オリジナルサイト
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九州工業大学 情報工学部 生命情報工学科 ![]() |
皿井 明倫 | 蛋白質 |
生物全般 | 蛋白質-核酸相互作用の熱力学データベース | * |
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ProTherm
ProTherm
オリジナルサイト
|
九州工業大学 情報工学部 生命情報工学科 |
皿井 明倫 | 蛋白質 |
生物全般 | 蛋白質と変異体の熱力学データベース | * |
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FAMSBASE
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長浜バイオ大学 ![]() 理化学研究所 ![]() |
梅山 秀明 | 立体構造 |
生物全般 | 生物種277種のタンパク質立体構造予測データベース |