いくら良質なデータベースでも、説明が十分でない、利用条件が明確でない、ダウンロードできないなどの理由で十分に利用され、引用され、相応しい評価をうける機会を逃していることがあります。


 生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管し、データ説明(メタデータ)を統一して検索 を容易にすると共に、利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするサービスです (詳細説明)。 現在、24件のアーカイブデータベースを公開しています(下記)。


 データを長期にわたり保全し、データベース作成者のクレジットを明示する一方、公的機関や民間等様々なユーザが利用しやすい形にすることで、それぞれの研究の生命科学へのいっそうの貢献を支援します。 データベースの寄託を随時募集しています(寄託応募要領)。

データベースアーカイブ説明図

アーカイブデータベース一覧 (ヘルプ

「利用許諾」の右の列に「*」(アスタリスク)のあるデータベースは、「文部科学省委託研究開発事業 統合データベースプロジェクト」 によるデータベースです。
データベース データベース運用場所 代表者 データベースカテゴリ 生物種 要約(キーワードを青字表示) 利用許諾  
HATODAS HATODAS 独立行政法人理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター外部リンク 国島 直樹 立体構造
生物全般 タンパク質のX線結晶解析で行われる重原子化の事例を収集したデータベース CC 表示-継承
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KTmAbDB KTmAbDB 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 発生ゲノミクス研究チーム外部リンク 杉本 亜砂子 局在 線虫 線虫C. elegans胚の特異的な細胞種・細胞内構造を認識するモノクローナル抗体コレクションのデータベース CC 表示-継承
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Atlas (ISH Data Base) Atlas (ISH Data Base) 筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報外部リンク 漆原 秀子 発現 粘菌 Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、 Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの CC 表示-継承
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GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database 京都工芸繊維大学外部リンク 林 茂生 変異体・発現 ショウジョウバエ ショウジョウバエにおいて、Gal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベース CC 表示-継承
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WorTS - Worm TS mutant Database WorTS - Worm TS mutant Database 大阪大学 微生物研究所 細胞機能分野外部リンク 中村 邦明 変異体・表現型 線虫 線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース CC 表示-継承
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AcEST AcEST 首都大学東京 大学院理工学研究科生命科学専攻 植物環境応答研究室外部リンク 鐘ヶ江 健 cDNA シダ シダのEST配列と機能アノテーション結果のデータベース CC 表示-継承
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Dicty_cDB Dicty_cDB 筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報外部リンク 漆原 秀子 cDNA 粘菌 Dictyostelium discoideum cDNAの塩基配列と機能アノテーション結果 (相同性検索・モチーフ検索・産物の局在性予測・発現特性・ゲノムへのアラインメント等)の情報を収録したもの CC 表示-継承
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Gclust Server Gclust Server 東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系外部リンク 佐藤 直樹 蛋白質配列 95生物種 総当たりBlast比較の結果得られた, 95生物種のタンパク質配列のクラスタのデータベース CC 表示-継承
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Budding yeast cDNA sequencing project Budding yeast cDNA sequencing project 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻外部リンク 伊藤 隆司 ゲノム(脊椎動物以外)-真菌ゲノム 酵母 出芽酵母の完全長クローンの5'cDNA配列データベース CC 表示-継承
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Yeast Interacting Proteins Database Yeast Interacting Proteins Database 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻外部リンク 伊藤 隆司 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ-タンパク質相互作用 酵母 Y2Hによる出芽酵母のタンパク間相互作用のデータベース CC 表示-継承
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tRNADB-CE tRNADB-CE 長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室外部リンク 阿部 貴志 RNA配列 原核生物 世界的に最も精度が高い、エキスパートが精査を加えたtRNA 遺伝子データベース CC 表示-継承
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DMPD (Dynamic Macrophage Pathway CSML Database DMPD (Dynamic Macrophage Pathway CSML Database) 東京大学 医科学研究所外部リンク 宮野 悟 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ ヒト、哺乳類 マクロファージの分化、活性化に関するパスウェイデータベース CC 表示-継承
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Fluorome Fluorome 早稲田大学 教育学部理学科外部リンク 園池 公毅 変異体・表現型 シアノバクテリア 原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得し、変異株間で定量比較したデータベース CC 表示-継承
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GlycoProtDB GlycoProtDB 独立行政法人 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター外部リンクグライコプロテオーム解析チーム 梶 裕之 構造―糖 生物全般 質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質の糖結合位置のデータベース。 CC 表示-継承
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Arabidopsis thaliana EST index Arabidopsis thaliana EST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 DNA配列 シロイヌナズナ シロイヌナズナのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Chlamydomonas reinhardtii EST index Chlamydomonas reinhardtii EST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 DNA配列 クラミドモナス クラミドモナスのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Lotus japonicus EST index Lotus japonicus EST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 DNA配列 ミヤコグサ ミヤコグサのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Trifolium pratense EST index Trifolium pratense EST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 DNA配列 ムラサキツメクサ ムラサキツメクサのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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BodyParts3D BodyParts3D ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 大久保 公策 器官 ヒト 解剖学用語が示す人体の部品(臓器、器官)の位置と形状を3次元人体モデルで記述したデータベース CC 表示-継承
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せいめいかがくけいでーたべーすかたろぐ 生命科学系データベースカタログ ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 川本 祥子 カタログ 生命科学系データベースの情報(URL・稼働状況・提供機関・生物種・データ種)を対象や生物種などの項目別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 CC 表示-継承
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せいめいかがくがっきょうかいかたろぐ 生命科学系学協会カタログ ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 川本 祥子 カタログ 生命科学系学協会の情報(URL・名称・連絡先・会員数・学会誌)を分類別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 CC 表示-継承
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せいめいかがくけいしゅようぷろじぇくといちらん 生命科学系主要プロジェクト一覧 ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 西川 哲夫 カタログ 日本国内の主要プロジェクトに関する情報(体制、予算、概要、データベースサイト、ダウンロードサイト、報告書や文献へのリンク情報等)を収集したカタログ型のデータベース。 CC 表示-継承
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しせつめいじしょ 施設名辞書 ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 大久保 公策 辞書 施設名称や研究室名称と、それらの各表記の対応辞書 CC 表示-継承
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いでんしめいしょうシソーラス 遺伝子名称シソーラス ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 大久保 公策 辞書 9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌) 9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌)を対象に遺伝子名、 遺伝子ファミリ名を集め並列関係【同義】および上下関係【ファミリ名】で関係付けました。 頭文字表記や代表的な遺伝子・ゲノムデータベースID情報も名称と扱います。 CC 表示-継承
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公開準備中のデータベース一覧

以下のリストはアーカイブサイトに公開準備中のデータベース一覧です。

「要約」の右の列に「*」(アスタリスク)のあるデータベースは、「文部科学省委託研究開発事業 統合データベースプロジェクト」 によるデータベースです。

データベース 運用機関名 代表者 データベース
カテゴリ
生物種 要約(キーワードを青字表示)  
Transposon Database - Germline SB transposon
Transposon Database - Germline SB transposon
オリジナルサイト外部リンク
大阪大学大学院 医学系研究科 環境・生体機能学外部リンク 堀江 恭二 変異体 マウス Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスのトランスポゾン挿入部位と変異遺伝子を提示したデータベース